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Methods and Instruments

LC-MS und GC-MS-Kopplung zur Detektion, Strukturaufklärung und Quantifizierung von Metaboliten

I. LC-MS

1. LC-ESI-QqQ-Massenspektrometrie (Agilent 6460)

QqQ_22
  • Quantifizierung von Metaboliten
  • Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
  • Aufklärung von Metabolismuswegen
  • Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
  • Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
  • Überprüfung von Markierungsexperimenten
  • Fluxanalytik
 
   

2. LC-ESI/APCI-Ionenmobilitäts-Massenspektrometrie (Waters Synapt HDMS)

Waters Synapt Ionenmobilitäts MS
  • Metabolic Profiling: Datenbankrecherche und Datenbanksuche von Metaboliten mit einer exakten Masse (Metlin-Datenbank)
  • Strukturanalytik von unbekannten Verbindungen
  • Erstellung von metabolischen Pathways
  • Identifizierung von Modifikationen
  • Ionenmobilität als zusätzliche Trennungsdimension

 
 

3. LC-ESI-Orbitrap-Massenspektrometrie (Thermo Scientific LTQ Orbitrap XL)

Orbi_22
  • Metabolic Profiling: Datenbankrecherche und Datenbanksuche von Metaboliten mit einer exakten Masse (Metlin-Datenbank)
  • Strukturanalytik von unbekannten Verbindungen
  • Erstellung von metabolischen Pathways
  • Identifizierung von Modifikationen
  • mehrfache Fragmentierung (MSn) möglich

 
 
   

 

 

II. GC-MS

 As a routine method we are profiling relative concentration changes in primary metabolites (sugars, sugar-alcohols, amino acids, organic acids and phosphorylated compounds). The mainly polar metabolites are extracted from the tissue, derivatised and the derivates are identified with an Agilent GC-Quadrupole-MS System, which can operate in EI and CI mode.
Several more targeted methods for analysing particular (also non-polar) compounds are developed in cooperation with the various users.

 

1. GC-EI/CI-Massenspektrometrie (Agilent 7890A/5975C)

gc_system
  • Non-targeted Metabolomics
  • Aufklärung von Metabolismuswegen
  • Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
  • Identifizierung von Metaboliten anhand von EI/CI-Fragmentierung mittels Datenbanken
 
   

 

 

GC-MS chromatogram

Fig.1: Example Chromatogram for a GC-MS primary metabolite profiling in Physcomitrella patens

 

 

 

 

 

fig2

Fig.2: Example for a cluster analysis for the relative changes of metabolite concentrations in Ricinus communis under anoxia.